Здравствуйте!
Выставление счетов - фактур на предоплату является обязанностью, а не правом налогоплательщика (п. 1,3 ст. 168 НК РФ). Счет - фактуру нужно составить не позднее пяти календарных дней с момента получения аванса
Цитата: 3. При реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав выставляются соответствующие счета-фактурыне позднее пяти календарныхдней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг), со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты,частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг),передачи имущественных прав.
Авансовый платеж в оплату товаров для целей НДС считается таковым до тех пор, пока не произойдет фактическая реализация. К такому выводу пришли судьи ФАС Московского округа в постановлении от 5 мая 2008 г. № КА - А41/3467 - 08 .
Так же некоторые компании получают авансовые платежи за непрерывные поставки. К таким компаниям можно отнести любое телекоммуникационное предприятие, работающее на условиях предоплаты. В таком случае разрешается выписывать
счет-фактуру на аванс в конце расчетного периода на сумму всех поступивших от заказчика оплат за вычетом стоимости фактически предоставленных услуг. Такое разъяснение было дано Минфином в письмах от 06.03.2009 и от 27.03.2009.Также имеется разъяснение этого же министерства о том, что если в течение пяти дней после поступления оплаты была произведена отгрузка, то счет-фактуру можно составить один раз — по факту поставки товара. Это разъяснение дважды давалось в письмах Минфина от 06.03.2009 и от 12.10.2011.
Но вот Федеральная налоговая служба в своем письме от 10.03.2011 разъяснила, что так поступать нельзя. По мнению фискалов, счет-фактура на аванс должен быть выписан в любом случае, даже если в этот пятидневный срок после поступления предоплаты состоялась отгрузка.Поэтому пересмотрите Ваш учет. Вам надо было при получении предоплаты в течении пяти дней выставить авансовый счет-фактуру на всю сумму полученного аванса, а при частичной реализации, отразить сумму НДС с реализации в книге покупок .
Цитата: 1. Грубое нарушение правил учета доходов и (или) расходов и (или) объектов налогообложения, если эти деяния совершены в течение одного налогового периода, при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренного пунктом 2 настоящей статьи,влечет взыскание штрафа в размере десяти тысяч рублей.2. Те же деяния, если они совершены в течение более одного налогового периода,влекут взыскание штрафа в размере тридцати тысяч рублей.3. Те же деяния, если они повлекли занижение налоговой базы,влекут взыскание штрафа в размере двадцати процентов от суммы неуплаченного налога, но не менее сорока тысяч рублей.Под грубым нарушением правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения для целей настоящей статьипонимается отсутствие первичных документов, или отсутствие счетов-фактур, или регистров бухгалтерского учета или налогового учета, систематическое (два раза и более в течение календарного года)несвоевременное или неправильное отражение на счетах бухгалтерского учета, в регистрах налогового учета и в отчетности хозяйственных операций, денежных средств, материальных ценностей, нематериальных активов и финансовых вложений.
Цитата: В итоге у нас 2 счет-фактуры на сумму по 50 т.р. Возможно ли такое?
Возможно, и даже правильно.
У Вас часть аванса закрыта реализацией, на вторую часть выписан счет-фактура на аванс для зачета НДС покупателем.